1251 erhielten die Rathauser Schwestern vom zuständigen Bischof von Konstanz die Erlaubnis zur Errichtung eines Friedhofs.
In der Klosterzeit lag der Friedhof mit der Beinhauskapelle hinter der Kirche im Obstgarten. Die darin stehenden Bäume mit ihrem Vegetationszyklus sollten die Auferstehung der Seele nach dem Tod symbolisieren. Im Mittelalter war der Tod sehr präsent. Die geringe Lebenserwartung und die hohe Kindersterblichkeit prägten das Lebensgefühl der Menschen. Seuchen und Krankheiten forderten ihren Tribut. Stärker als in unserer heutigen Gesellschaft wurden Sterben und Tod von Ritualen begleitet.
Sterberituale und Jenseitsvorstellungen
Nahte der Tod, wurde ein Priester gerufen. Die sterbende Person sollte vor dem Tod und dem bevorstehenden Gang vor das Gottesgericht, bei dem über das Schicksal der Seele entschieden wurde, ihre Sünden reuevoll gestehen und das Glaubensbekenntnis ablegen. Es galt, die Tage im Fegefeuer, einem «Durchgangs- und Reinigungsort», zu verringern und die Verbannung in die Hölle zu verhindern. Zudem erhielt die sterbende Person vom Priester die Kommunion und die «Letzte Ölung». Es wurde auch um die Aufnahme der Seele in den Himmel gebeten.
Von der Kapelle zum Geräteschuppen
Nach der Säkularisation des Klosters Rathausen wurde die Friedhofskapelle zur Zeit des Lehrerseminars zu einem Geräteschuppen umfunktioniert. Bei der Einrichtung des Seminars fand man in der Kapelle aufgeschichtete Gebeine und ein Ewiges Licht vor. Der Friedhof wurde in der Zeit des Kinderheims wieder als solcher genutzt. Er diente der Bestattung von Heimkindern und Personal. Nach der Zerstörung der hinter der Kirche gelegenen Kapelle durch einen Brand im Jahr 1903 errichtete man die heute noch erhaltene neugotische Kapelle an der südöstlichen Klostermauer.