Über die Jahrhunderte hinweg unterlag das Leben im Kloster einem steten Wandel. Gross waren die Einschnitte im 16. Jahrhundert. Die Beschlüsse des Konzils von Trient (1545-1563) führten zu einer Reform in der katholischen Kirche, von der auch Klöster betroffen waren. In Rathausen wurde ab 1588 eine Reform umgesetzt, die sich stark auf das Klosterleben auswirkte.
Rathausen wurde ein zisterziensisches Musterkloster mit einer strengen Klausur. Die Klosterfrauen lebten nun innerhalb des von einer durchgehenden Mauer umschlossenen Bereichs, der das Kloster gegen aussen abgrenzte. Der Amtmann des Klosters sorgte sich nach der Reform um die körperliche und seelische Gesundheit der Schwestern, denn die Klosterfrauen seien mehrheitlich krank, etliche schwermütig und melancholisch geworden.
Gelockerte Klosterdisziplin
Vor der Klosterreform war es je nach Handhabung der Ordensregel wohl üblich, dass die Rathauser Schwestern ihre Bekannten im Gasthaus des Klosters empfingen. Es soll gar eine Tanzlaube mit buntbemalten Balken gegeben haben, die im Gästetrakt oder im Amtshaus untergebracht gewesen sein soll, erzählten sich die Klosterfrauen. Das Kloster war wohl auch ein betriebsamer Ort mit regen Aussenkontakten. Wie später kritisiert wurde, habe keine strenge Klausur bestanden, das Schweigegebot sei gelockert gewesen, zudem sei kein regelmässiges Chorgebet mehr gehalten worden. Visitationen durch den Vaterabt des Klosters St. Urban, der während seiner Besuche die Einhaltung der Klosterregel und -disziplin überprüfen sollte, hätten nur noch selten stattgefunden.
Eine Klosterreform bringt strengere Vorschriften
Als Folge der Reform wurden 1588 die vier Luzerner Frauenklöster Rathausen, Eschenbach, Neuenkirch und Ebersecken, die nur noch von wenigen Nonnen bewohnt waren und als baufällig und reformbedürftig beurteilt wurden, zu zwei Klöstern zusammengelegt: Rathausen und Eschenbach. Während des Umbaus von Rathausen 1588-1592 weilten die Schwestern im Kloster Friedenweiler im Schwarzwald, wo die Reform bereits umgesetzt war. Sie übten sich dort etwa in das Leben in der Klausur, die Zeiten des Stillschweigens und die Praxis des Stundengebets ein.